SWATH定量蛋白质组学

SWATH定量蛋白质组学

服务介绍：

　　蛋白质组学(Proteomics)指的是大规模、高通量地研究一个细胞、组织或物种中表达的全套蛋白质的学科。近十年来，质谱技术的飞速发展大大推动了的蛋白质组学的进步，基于质谱的蛋白质组学已经成为蛋白质研究领域必不可少的技术手段。通过蛋白质组学技术可以对生物样本中的蛋白质、翻译后修饰位点(如磷酸化)进行大规模地鉴定或定量，进而从高通量的数据分析中挖掘有价值的信息和规律，为功能机制的探究提供线索和基础。2003年，人类基因组计划(HGP)完成精细图的绘制后，同年，人类蛋白质组学计划(HPP)随即开展起来，反映了科研领域对蛋白质组学的重视。经过十年时间，多家单位的共同努力下，人类蛋白质组草图也于2014年在Nature杂志公布了。

　　SWATH/DIA是一项区别于DDA采集的的、全息式的质谱技术，基于静电场轨道阱 Orbitrap 的数据非依赖采集(Data Independent Acquisition, DIA)是赛默飞为用户带来的一项的、全息式的质谱技术。DIA 将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口，高速、循环地对每个窗口中的离子进行选择、碎裂、检测，从而无遗漏、无差异地获得样本中离子的全部碎片信息。因此，SWATH能够对复杂样品中几乎可检测的分子进行定量测定。SWATH综合了shotgun proteomics高通量检测的特点与定量分析的优势，是真正意义上的全景质谱检测手段MS/MS ALL。

　　实验流程：

　　蛋白提取—蛋白酶解—肽段富集—高分辨质谱检测采集数据(DDA建库后DIA采集数据)—数据库检索—数据分析

　　送样运输要求：

　　1、蛋白样本

　　①蛋白量大于100ug，-80℃保存，纯干冰运输，避免反复冻融。

　　②建议测定蛋白浓度后，液氮速冻，避免蛋白降解，另外需要告知蛋白溶液的缓冲液成分和浓度，方便实验室收到后进行后续处理。

　　③胶条、胶点样本不建议进行定量蛋白质组学。

　　2、细胞样本

　　①细胞量1x10⁷个，收集细胞沉淀，-80℃保存，纯干冰运输，避免反复冻融。

　　②收集时，用预冷PBS缓冲液清洗三次，去除培养基成分，然后离心去除上清保存。

　　3、血清样本

　　①样本量500uL，-80℃保存，纯干冰运输，避免反复冻融。